河姆渡位于余姚境内，南面的四明山，北面姚江平原中部的慈南山地和东面南北走向的乌石山、羊角尖山、云山等低山丘陵三组山系构成硕大的工字，这种地貌尤如今天围海造田工程上抛筑的丁坝和顺坝，具有很大的促淤成陆功能。

　　距今1万年前开始的大规模海侵时，四明山北麓成为一片浅海，从长江口顺潮而下的泥砂搬运到这里后，受工字形地貌的阻挡而沉积下来，使河姆渡一带的淤积快于其两翼，当海退开始后，河姆渡一带自然最先出水成陆。

　　根据低塘镇西村地下31米处发现的贝壳层的年代为公元前8020年，推测海退发生在距今7500年左右，所以距今7000年前河姆渡确实是四明山前的一块高地。南京大学所作的河姆渡遗址地质土样古代微生物、孢粉、土壤粒度和含盐量的检测结果印证了这一结论。

　　研究人员根据河姆渡遗址孢粉资料和考古发掘材料分析，7000年前河姆渡的气候比现在温暖湿热，平均气温比现在高3－4℃，年降雨量比现在多500毫米左右，与现在的广东、广西南部和海南岛相似。那时遗址南面还没有姚江阻隔，只有芝岭溪水在遗址的西南流过。遗址的东面是一片平原，西面、北面濒临河姆渡-丈亭-二六市大湖，河姆渡处于湖泊沼泽、平原、草地、丘陵、山冈多种地貌的复杂环境，所以这里的动植物资源特别丰富，非常有利河姆渡先民的生产、生活。

　　良好的自然环境是河姆渡文化繁荣的关键因素。当河姆渡成陆时，“工字形”地貌两翼，即现在的余姚城区以西、宁波市西郊以东地区尚处于浅海之中，海水涨落有规律地推动湖水升、降，为河姆渡人的稻田创造了自灌条件，使河姆渡人以最少的投入获得最多的稻谷。因此河姆渡人可以腾出更多时间、更多劳力去建造庞大的干栏式建筑，有时间去发展纺织、漆木器等生活资料。