由于历史、经济等诸多方面的紧密联系，苏丹南北关系不可能出现骤然变化。而要在“后公投”时代确保合作稳定压倒冲突动乱，各方都需要付出长期艰苦的努力。

　　南北之间爆发战争的可能性不大，因为双方在石油领域的合作十分紧密。南部苏丹虽然有丰富的石油，却缺乏炼油设施和向国外输油的管道；北方控制石油产业链，却没有石油。这种差异决定了南北分家后必须加强合作，这种合作将是未来南北和平的一个重要保证。

　　南部地区目前几乎没有任何基础设施，沥青路面只有60公里。电力和自来水在许多地方依然是稀罕物。因教育设施差，文盲率高达90％，人力资源匮乏也是苏丹南部面临的严峻问题。

　　北方也面临一系列挑战。除了拖延多年的苏丹西部达尔富尔冲突外，还有各地区发展不均衡、贫富差距不断扩大、社会矛盾加剧的问题。