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00006版:前沿周刊·科技

浙大团队研发全球首个“一站式”棉花智能育种平台——

田间地头,来了“AI科学家”

  ■ 本报记者 王雨红 通讯员 吴旻

  “我想培育产量高、纤维长,还能抗病的棉花,请设计一个最佳的杂交方案。”

  近日,记者在浙江大学农业与生物技术学院一间实验室,打开张天真教授团队研发的全球首个“一站式”棉花智能育种平台——AI育种家,点点鼠标输入需求,很快就完成了方案设计。

  若想查询含有高产、优质或抗病基因的棉花品种,平台也能给出结果。“育种‘小白’仿佛也能变成行业专家。”记者不禁感慨。

  千百年来,为了让棉花产量更高、品质更好,要么靠老农的经验,要么靠育种专家钻在田间地头年复一年地杂交、筛选。这个过程像买彩票一样充满不确定性,运气好了,可能8到10年能培育出一个好品种,运气不好,一辈子都白忙活。

  如今,AI育种家依托算法模型和强大算力,采用对话式交互设计,支持基因信息检索、精准育种方案生成及后代性状智能预测,可将棉花育种周期大大缩短,棉花杂交育种组合效率提升20倍。

  “一站式”AI育种模式的成功,标志着我国在智慧农业与生物育种技术领域跻身国际前列。过去“看天吃饭”的育种模式,正逐渐变成一种精准、高效的全新事业。

  基因“天书”成功破译

  让育种“小白”秒变行业专家,张天真和团队花了近20年时间。这件事情,得先从棉花的基因说起。

  作为异源四倍体作物,棉花的基因组十分复杂,决定遗传特性的基因位点有25亿个,就像一本厚厚的、写满未知符号的天书,多年来育种专家只能零星破译几个字符。

  “棉花遗传密码到底是什么?”致力棉花育种40余年,张天真自大学毕业就开始思考怎么种出好棉花。

  2007年起,张天真带领团队和棉花基因这本“天书”较上了劲。此后10年间,他们把上千份材料带回实验室,综合运用基因组学、生物信息学和群体遗传学等方面的理论和技术,在7万多个基因里找到了决定棉花高产量、高品质的关键“密码”。也就是说,不同品种的棉花拥有哪些优良基因、不同位置的基因对应何种功能等都渐渐明朗。

  随后,他们把研究成果梳理分类,建成一个庞大的基因数据库,把“天书”翻译成了“说明书”。

  不过,光有这份“说明书”还不够,育种专家平日里要面对成千上万颗长得差不多的棉花种子,怎么才能快速找到携带优良基因的“天选之子”?

  “基因好也不一定长得好,棉花生长还受表观影响。”团队成员方磊给记者打了个比方,基因就像“说明书”里的字,是固定不变的,但书里还有很多便利贴和高光标记,这就是表观。

  表观是灵活可变、受环境影响的,且能决定哪个基因在什么时候、以多强的程度被“阅读”,即表观能控制基因功能的表达。因此只有精准协调基因、表观和环境,才能培育出优质高产的棉花。

  若以传统方式,需要一颗一颗地取样测序分析,然后把基因、表观等数据结合起来进行计算,预测产量、品质和抗病性等性状在后代中出现的概率。“杂交组合数就超上百万种,只靠人工可能好几年时间都未必算得精准。”方磊说。

  为了解决这个难题,团队又开启了一场近10年的马拉松式研发。

  首先是构建核心种质库。此前排摸出的5000余个品种中部分存在相同基因和相似性状,可“去重”节省研究时间。

  2017年,他们带着找回的上千份材料继续奋战“天涯海角”,花费5年左右时间,蹲点浙江、海南、新疆等全国9个适合棉花生长的地区,在不同环境下进行杂交实验,以此提高数据准确性。

  汗水换来收获。最终,大家筛选出500多个核心品种,覆盖800多个核心优异性状关联位点。

  其次是提升计算效率。2022年,张天真团队打造世界首个棉花精准育种设计平台。平台上线至今,访问量已超10万人次,服务新疆农垦科学院、新疆金丰源种业、九圣禾种业等30多家科研单位。

  在此基础上,团队还先后研发出“浙大棉芯1号”“浙大棉芯2号”等浙大系列液相育种芯片,可以快速、准确、高效地鉴定出优异亲本材料和基因资源。

  “种业是农业的芯片,这好比是制造芯片的芯片。”张天真说。

  育种方案“一键生成”

  智能平台和育种工具,让科研人员拥有了“透视眼”,在实验室就能提前设计亲本组配方案,将优良基因高效聚合到目标改良品种中,田间工作量大大减少。

  为了方便普通农户操作,团队又对平台进行升级优化。“我们尝试把平台和工具两者相结合,实现智能化的定向设计。”团队成员方磊介绍。

  简言之,就是让AI像育种专家那样会思考,使其逐步具备自主设计实验、验证结论,甚至自我纠错的“科研能力”,农户只需输入问题,平台就能“一键生成”精准育种方案及后代性状预测结果。

  中国科学院院士钱前曾在接受媒体采访时表示,作物的农艺性状成千上万,要做到“知其然也知其所以然”。

  不久前,搭载着基因数据库、液相芯片、算法模型和强大算力的“一站式”棉花智能育种平台——AI育种家应运而生,这也是全球首款基于棉花全基因组大数据与AI加速算法的智能体。

  “有了AI技术,感觉我们这些田间地头的育种人,都成了计算能力超强的科研专家。”4000公里外,望着眼前18万亩棉田,新疆金丰源种业有限公司负责人刘军感慨万分。

  刘军坦言,常规育棉花就像在“拆盲盒”,先让两个看起来不错的棉花品种“联姻”,然后看看它们的后代里有没有青出于蓝的。这种方式如同大海捞针,不仅周期长,成功率也很低。

  尤其近年来极端气候事件频发,农田环境和作物生产模式与过去大不相同,依靠人工经验的棉花育种效率难以提升。

  3年前,棉花精准育种设计平台和液相育种芯片成功研发后,张天真团队就与新疆金丰源种业合作,培育出新品种“浙金研-2”,在新疆大面积播撒。这是我国棉花产业重心西移后,浙大第一个在棉花主产区通过国家审定的品种,其产量比常规品种高20%左右,农民收入每亩能增加500元至800元。

  “如今AI育种家的诞生,让我们更有信心能在短周期内培育出高产、优质、多抗的新品种。”眼下,刘军忙着进行新一轮的棉花播种、耕耘,并在“新同事”的协助下设计杂交方案。

  每年此时,张天真也会愈发忙碌,到新疆、海南等地的大片棉花田里,为当地农户开展技术指导。

  在他看来,育种没有双休日和“8小时工作制”,只有日复一日、年复一年的坚守:“到棉花田里,看到棉花好好长着,就很幸福。”

  让AI“读懂”更多需求

  精准育种技术,提升的不止产量,还有品质。

  据中国棉花协会数据显示,我国是世界最大的棉花生产与消费国,全球占比分别为1/4和1/3。但行业所需的中高端棉花,仍有60%以上依赖进口,自主培育产量高、品质好的棉花品种迫在眉睫。

  一方面,棉花本身易受病害,棉农只能听天由命,因此强的抗病虫能力对于棉花种植十分重要;另一方面,随着经济社会的发展,现在大家对棉制品的追求不只是暖和,还要好看、舒服,这就需要纤维长度更长、强度更强、纺织性更好的高品质棉花。

  这些年,张天真就带领团队通过育种平台和工具,解决了不少实际生产中的问题。

  例如,低酚棉花。“棉花浑身都是宝,棉花中的棉酚能抗虫,但限制了棉籽的利用效率。”团队成员胡艳介绍,全国近5000万亩棉花地每年能生产棉籽近千万吨,可加工成棉籽油、棉籽蛋白等,蕴藏着大产业。棉籽上散布的腺体里包裹着棉酚,虽然可以帮助棉花防御病虫危害,但对人类却有毒害作用,影响了棉籽的高效利用。

  为此,团队培育出了一种新的棉花品系,巧妙地保留棉花植株上的腺体、去掉棉籽上的腺体,从而解决了这个两难问题。这项成果目前正在大规模推广,有望推动“粮—棉—油—饲”一体化经济作物的研究和发展。

  AI的加持,为棉花育种带来无限可能。放眼全国,它也学着“读懂”更多科学家的需求。数据采集智能转型、生物数据整合创新、智能算法效能跃升,构建出育种新场景——

  崖州湾国家实验室联合上海人工智能实验室等单位,发布首个种业大语言模型“丰登”;

  中国农科院科研团队开发的算法能够精准预测作物表型,计算时间比传统统计模型缩短290倍;

  中种集团发布“玉米品种晋级与精准定位决策系统”,快速、准确完成品种优劣势分析和适宜种植区域的精准定位……

  AI育种、智慧育种已从理论走向现实。钱前曾在媒体采访时表示:“作物的农艺性状成千上万,需要算力、算法挖掘基因与性状的关联,以此为基础整合优异性状。同时,与传统的‘小作坊式’育种不同,智慧育种需要以工业化思路汇聚大量资源。”

  育种,一年只是一个顿号,5年是一个逗号,10年是一个分号,永远没有句号。

  这段时间,张天真和团队成员在棉花播种之余,也忙着走访科研院所、企业对接需求,不断完善AI育种家的功能,将其推广至水稻、大豆、油菜、蔬菜等多种作物上进行应用。

  或许不久的将来,我们餐桌上的很多食物,都得益于这位聪明的“育种家”,并在数字技术的驱动下,不断为中国农业“芯片”升级迭代,确保“中国碗”装满“中国粮”。


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