安吉是黄浦江的源头，境内共有河道1624条，总长度1546.3公里。主要河流为西苕溪，西苕溪由西南向东北流贯全县，几乎汇聚境内主要一级支流——南溪、龙王溪、浒溪、里溪、晓墅港、浑泥港等，形成叶脉幅聚状单一水系，县境内流域面积为1806平方公里，主流全长110.75公里，安吉境内干流长46.44公里，出县后过长兴经湖州注入太湖，再入黄浦江。

　　正在实施的西苕溪清水入湖河道整治工程，是国务院《太湖流域水环境综合治理总体方案》确定的河网综合整治工程之一，其中安吉段主要是对西苕溪干流及浑泥港共计55公里河道进行水环境改善及整治，提高河道工程防洪能力，建设生态湿地，修复水生态。安吉段工程总投资14.5亿元，计划工期2014年至2017年，总工期为4年。

　　除西苕溪及其支流外，还有境东南缘的山川乡全部、递铺街道部分村及境东北缘的昆铜部分村的溪流，分别流经余杭、德清县注入东苕溪，流域面积74.14平方公里；境西缘的杭垓镇岭西村的溪流注入安徽省宁国市东津河，流域面积6.2平方公里。

　　为了涵养水源，安吉建有大型水库2座，中型水库3座，小（一）型水库8座，小（二）型水库68座，塘坝、山塘共4464座，总库容达4.35亿立方米。