吴兴区河流水系属长江中下游太湖流域，水网密集，纵横交错,是典型的江南水乡地区。以东苕溪导流港、环城河、长兜港为纵轴，分为东西两片，西片为苕溪水系，东片为运河水系（或称杭嘉湖平原水系）。全区各类大小河道1492条，总长1469公里。其中，省级河道3条，长35.33公里；市级河道9条，长104.90公里；区级河道15条，长102.06公里。

　　苕溪水系是太湖的重要水源河流，包括东苕溪、西苕溪及尾闾的环城河、旄儿港等河道，两溪在白雀塘桥汇合后，经小梅港、长兜港注入太湖。运河水系根据排水走向和排水功能分为入湖河道和北排河道两块。入湖河道为溇港及与溇港相连的南北向河道，主要有大钱港、罗溇港、幻溇港、汤溇港、濮溇港等；北排河道为由西向东排水入太浦河的河道，主要有南北横塘、頔塘和鲇鱼口闸下游河道等。

　　吴兴区将紧紧围绕“科学治水、依法治水、铁腕治水、全民治水”的目标要求，以“八大工程”和“河长制”为抓手，以建管、清淤、堵口、整治为重点，结合三改一拆，打好组合拳，以点带面，整体推进治污水、防洪水、排涝水、保供水、抓节水“五水共治”，力争治水工作走在全市乃至全省前列。力争到2015年，水环境质量持续改善，地表水环境功能区达标率达90%，劣V类水体比例控制在6%以内；全区出境交接断面水质达标率80%以上，主要河道悬浮物平均浓度力争控制在60mg/L以下。