5月中旬，肠出血性大肠杆菌（EHEC）疫情开始在德国蔓延。26日，德国研究人员查明，本次疫情是由一种名为“Husec 41”的肠出血性大肠杆菌变种引起的。同时，德国宣布这种病菌的一个来源是产自西班牙的黄瓜。但5月31日，德国发表更正，称疫情罪魁并非西班牙黄瓜。

　　6月2日，德国和中国的一项联合基因研究初步显示，导致疫情的致病菌是包含两种不同菌种基因的新型病菌。它大约80％的基因来自血清型为O104型的大肠杆菌，其余20％的基因来自另外一种大肠杆菌。世界卫生组织当天也表示，初步基因组测序结果显示，德国肠出血性大肠杆菌疫情的致病菌是由两种不同大肠杆菌基因结合的突变体，以前从未被发现过。

　　6月5日，中方研究人员宣布，该病原菌可能起源于2001年在德国分离到的肠出血型大肠杆菌。

　　同一天，德国表示，芽苗菜很可能是造成疫情的一个传染源。6月10日，德国正式确认芽苗菜是此次疫情的源头。

　　德国研究人员近日发表了首份初步总结报告。报告将本次疫情致病菌称为产志贺毒素O104：H4型大肠杆菌，因为它表现出了典型的肠聚集性大肠杆菌和常见的产志贺毒素大肠杆菌混合的毒力特性。

　　据28日最新疫情通报，德国肠出血性大肠杆菌感染病例累计达3901例。截至27日，死亡患者已达47人。

　　这次疫情还波及了芬兰、英国、波兰和美国等国。