拉丹被击毙前，美国就对巴基斯坦猜疑不断，怀疑巴军方和情报部门内有人和塔利班勾结，同时指责巴政府打击塔利班不力。而拉丹在巴基斯坦被击毙，则给了美国口实。就连美国总统奥巴马也认为，拉丹在巴境内有“某种形式的支持网络”。两国关系陷入近年来的低谷。

　　在反恐事业结束无期的情况下，由于击毙本·拉丹行动而引起的美巴之间的新一轮猜忌对未来的两国反恐合作并不是个好兆头。从美巴官员的正式表态来看，美国对本·拉丹发起定点清除行动之前并未通知巴方，这无疑公开了美方对巴方的不信任。美国中情局局长帕内塔在接受媒体采访时说，美方认为与巴方合作可能危及这次使命，巴方可能会事先警告目标。巴基斯坦军方则强硬表示，美国找到本·拉丹下落却没与巴方分享情报，这有违两国情报部门的合作关系，而美国出动特种兵在巴境内发动突袭则是侵犯巴主权的行动。巴方将重新评估与美方在军事和情报方面的合作，同时将把美国在巴军事人员减少到最低限度。

　　尽管如此，美国不会轻易放弃利用巴基斯坦解决阿富汗问题的战略。巴基斯坦是美国在该地区整个战略中的一枚重要棋子，在驻阿美军的供给以及与阿富汗塔利班和谈等问题上，美国都需要巴方帮忙。5月15日，美国参议院外交委员会主席约翰·克里抵达巴基斯坦，与巴军政领导人举行会谈，缓和两国紧张关系。

　　在访巴之前的谈话中，克里非常明确地表达了美国的态度：一方面，尽管“两国关系中存在许多严重的悬而未决的问题”，但美方不想打破美巴合作关系，而是要努力加强这种关系，达成两国最大限度的合作；另一方面，美方继续向巴方施加压力，希望巴方在打击塔利班方面成为一个真正的盟友，实心实意地进行反恐战争。

　　事实上，美巴关系滑向低谷并非首次。多年来，巴方对美方的态度一直处在矛盾状态。一方面，巴基斯坦对美国许多无视巴方主权和决策的举动十分不满，要求双方在相互平等、相互尊重的基础上进行反恐合作。另一方面，巴基斯坦又需要美国提供的经济援助，尤其是帮助其解决能源问题、发展经济等。

　　美国外交关系权威刊物《外交政策》刊文称，自从奥巴马宣布本·拉丹死亡后，美巴紧张气氛升级，两国关系陷入很大麻烦。对巴基斯坦这个美国称为战略上至关重要的伙伴，美国既保持合作又处处防范的态度，对今后美国其他的反恐伙伴未尝不是一种“告诫”。