台湾南部民进党执政县市居多，很多位民进党籍县市长在任。对于陈云林这次台湾南部之行，台湾时事评论员黎建南将这些南部县市长的反应归纳为：前后反复、左右为难、内外矛盾。

　　首先，前后反复。当陈云林要来的时候，他们称不排除与陈云林见面，其中包括台南市长赖清德、高雄市长陈菊。可是后来听说独派抗议声势很大，再加上高雄跟台南3月5日补选民意代表，他们很怕出状况。再则，民进党内初选出来的候选人担心这时如果过于亲陈云林，怕损失基本教义派选票。所以最后他们全部排除跟陈云林见面。

　　第二，左右为难。基本教义派希望跟陈云林呛声，阻挠陈云林，但农民、渔民、企业家都觉得，为了地方经济，为了企业生存，为了经济希望，应该迎接陈云林，尤其是他还带来了大陆重量级的企业团，所以这个时候他们显现得有点左右为难。

　　第三，内外矛盾。事前，曾有一个县市长考虑如何接待陈云林，竟然借吃“春酒”邀了几个去过大陆的偏蓝人士，向他们请教待客之道。内心很想将接待做得漂亮，可是发现“台独”声音很大，又不敢了。这个时候他们就推说是因为海基会没有邀请他们，所以他们尊重海基会，就不见陈云林了。

　　可是，一边是陈菊不见，一边是她的观光局长却又跑到台北对大陆国家旅游局局长邵琪伟大势宣传高雄的观光；云林县长苏治芬一再交待手下对陈云林要以礼相待，可是自己又不敢露面，这些都给人感觉非常矛盾。

　　“像苏治芬、陈菊在去大陆的时候，都受到陈云林的以礼相待，这次没有借机尽地主之谊，以后再去大陆，我觉得他们会很尴尬。”黎建南说。 

　　台湾南部多为绿营执政的县市，有的绿营人士就放话说，要如影随形地抗议陈云林，但实际上，也并没有多大动静。比如之前声称要聚众500人在云林科技大学抗议，最后来了也不过20多人，对此，黎建南表示，原因有三。

　　第一，民进党没有动员，因为蔡英文考虑，如果参加2012台湾大选，她不能得罪中间选民，不能违背潮流、逆势操作，所以她并没有动员；第二，地方领导也知道地方经济、民生需要两岸交流，需要在两岸经济框架协议架构之下，为地方经济发展打出一片生路，所以也不敢支持独派抗议行动；最后，最重要的是，“哪一个抗议民众没有一些亲友因为两岸合作享受到诸多利益，所以这些政治人物台上讲的是一套，台下也深深体会到两岸交往带来的益处，也就无心配合独派魔笛起舞。”黎建南说。

　　曾参与过多次两岸交流活动的国民党人士张荣恭说：“陈云林会长即使在台湾中南部，反对来访的声音也绝非主流民意，这可以让马英九在推动两岸关系时取得更大的信心。”