1990年5月，萧山市文物管理委员会工作人员接到浙江广播电视大学萧山分校学生郑苗在湘湖捡到文物的报告，在郑苗的引领下赶赴城厢砖瓦厂的取土现场，遗址被发现。

　　1990年10月—12月，浙江省文物考古研究所、萧山市文物管理委员会对跨湖桥遗址进行第一次考古发掘。领队芮国耀。

　　1991年，跨湖桥遗址考古队将遗址中采集的四个木质标本送国家海洋局第二海洋研究所作碳十四年代测定，测定数据表明遗址最早年代距今8000多年。

　　2000年，浙江省文物考古研究所进行浦阳江流域新石器时代遗址专题调查，在萧山博物馆的配合下，重新发现跨湖桥遗址的残余部分，并确认遗址具有进一步发掘价值。

　　2001年5月—7月，浙江省文物考古研究所、萧山博物馆对跨湖桥遗址进行了第二次考古发掘。领队蒋乐平。

　　2002年4月，跨湖桥遗址被评为“2001年度中国十大考古新发现”。

　　2002年10月—12月，浙江省文物考古研究所、萧山博物馆对跨湖桥遗址进行了第三次考古发掘。领队蒋乐平。独木舟遗存发现。

　　2002年暑夏，杭州铁路公务段职工倪杭强提供距离跨湖桥遗址大约2公里的下孙遗址的线索。2003年12月—2004年1月，浙江省文物考古研究所、萧山博物馆对下孙遗址进行了考古发掘。领队蒋乐平。

　　2004年12月，浙江省文物局、萧山区人民政府举办“跨湖桥遗址学术研讨会暨《跨湖桥》报告首发式”。“跨湖桥文化”正式命名。

　　2005年3月，跨湖桥遗址被公布为第五批省级文物保护单位。

　　2006年4月，跨湖桥遗址临时陈列馆开馆，至2007年5月闭馆，共接待游客34000余人次。

　　2006年5月，国务院公布跨湖桥遗址为第六批全国重点文物保护单位。

　　2009年9月28日，跨湖桥遗址博物馆开馆。

　　2009年10月，跨湖桥遗址出土的独木舟和榫木构件入选“中华文明之最”。