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《物种起源》系统阐述了进化论的思想:第一,一般进化论。物种是可变的,现有物种是由别的物种变来的,一个物种可以变成新物种,这是已经被科学界普遍认可的。第二,共同祖先说。目前,分子生物学已经发现所有的生物都使用同一套遗传密码。第三,自然选择说。第四,渐变论,即物种是通过微小的优势变异逐渐改进的。