博物院围绕“良渚之谜”和“良渚玉文化”两大主题,设计了“发现求真”、“良渚古国”、“良渚文明”三个基本展厅和一个“站在杭州看良渚”前厅。通过动画、四维电影等现代手段,再现5000年前良渚先人的生活劳作、祭天礼地等生产生活的各个方面,向游客展现古代良渚“中华第一城”的恢宏气势。