旗舰，亦称指挥舰，是海军舰队、海上舰艇编队的指挥所，或是舰队、编队指挥员所在的舰。

　　“旗舰”的名称来自于一些外国海军指挥舰通常悬挂有该级指挥员的代旗（也称首长旗、司令旗）。如美国海军上将旗为蓝底４颗白色五星；中将旗为３颗白色五星；少将旗为２颗白色五星；准将旗为１颗白色五星。在海上见到挂有代旗的军舰，就可知道该舰是哪一级军衔军官担任指挥员的旗舰。所以舰队或编队指挥官乘座的指挥舰称为旗舰。

　　旗舰是一个统称，任何实际起到指挥作用的舰艇都可以称做旗舰。但一般而言，一个舰队中只有一条主要旗舰（即舰队指挥官长期乘坐的舰艇），同时也会指定某些舰艇为预备旗舰，以应对一些特殊情况。同时对于大舰队而言，可能下辖几个分舰队，因而除了总旗舰外，每个分舰队也都有对应的旗舰进行指挥。

　　旗舰并不是一成不变的。通常来说，指挥官都会选择舰队中最优秀的舰艇作为自己的座舰。但是也有例外，比如原旗舰因故维修，或者战斗中原旗舰受创过重不能再担当原有职责，这时舰队指挥官一般会按计划选择其它舰艇作为旗舰——登舰并升起自己的旗帜，保证战斗继续顺利进行。如果指挥官因故不能指挥，则按照原定计划顺次由相关军官升旗指挥。

　　在著名的日德兰海战中，德方舰队司令莱茵哈特·舍尔就曾几度更换旗舰进行指挥。而在更早的中日甲午海战中，清朝舰队却因为开战初期失去指挥而混乱异常，很难说这和战斗的最后结局是否有着直接的关系。