盛京（现沈阳）是清代肇基之地，因此《四库全书》中缮写好的第二部被指定放在这里。

　　１７８２年，盛京皇宫的文溯阁竣工，它与其他６座《四库全书》藏书楼一样，仿宁波“天一阁”之制而建。独一无二的黑琉璃瓦绿剪边硬山顶建筑，蕴含着防火的原始企盼。独具匠心的外两层内三层构局，大气而实用。据档案记载，从１７８２年冬天起，历经５次，才将《四库全书》全部运抵并安放在文溯阁内。同时运来的还有另一部巨著《钦定古今图书集成》。

　　沈阳故宫博物院院长武斌教授说，文溯阁《四库全书》共６１４４函，３６３１８册，均为清内府写本，盛于特制的楠木书匣内。书册为软面包背装。其封面，经部用绿绢、史部用红绢、子部用青绢、集部用灰绢。《总目》《考证》用黄绢。纸张选用的是洁白坚韧的开化榜纸，工楷墨书，字体娟秀，每册的首尾二页钤有“文溯阁宝”和“乾隆御览之宝”玺印。文溯阁藏书所用的１１５个书架是楠木所制，馨香浓郁，持久不散。

　　１９１４年，袁世凯以“防备兵变”为由，要求“奉天的典籍”“必须转移。”奉天督军段芝贵于是将文溯阁本《四库全书》运往北京。但书运抵北京后并未受到妥善保管，由于卷帙浩繁，找不到合适场所，只好弃置故宫保和殿。这样一放就是１０年。直到第二次直奉战争中奉系张作霖获胜，情况才有转机。

　　１９２５年６月，奉天省教育会会长冯广民到北京参加“清室善后会议”，看见文溯阁藏本《四库全书》被冷落一隅，便求助于张学良等人，希望将书重新运回沈阳。随后，在张学良的支持下，这部《四库全书》于１９２７年初重新入藏文溯阁，从而结束了１３年书阁分离的历史。

　　１９４８年初，辽沈战役打响，国民党政府又欲将文溯阁《四库全书》运往北京，激起了一批正直学者和有识之士的强烈反对。７月中旬，“东北行辕政务委员会”决定此事“缓办”。

　　１９５０年６月朝鲜战争爆发，为确保文物安全，沈阳故宫文溯阁的《四库全书》等重要文物曾被疏散到黑龙江省保管。１９５４年１月，这部巨著回到沈阳。

　　文溯阁《四库全书》第三次外运离开沈阳是在“文化大革命”前夕。有关这一段历史的情况长期不为外人所知，坊间版本甚多。据知情人士披露：早在１９３１年“九·一八事变”之后，沈阳故宫文溯阁《四库全书》的管理体制就发生了变化。１９３２年９月１日，伪奉天省长臧式毅“训令”：为整理重要图书，便于保管起见，将文溯阁《四库全书》《钦定古今图书集成》划归国立奉天图书馆。１９３５年日军派人清点文溯阁《四库全书》后，以文溯阁多年失修为由，在文溯阁前西南处修建了一座钢筋水泥结构的二层书库，内置钢制组合书架。１９３７年，文溯阁《四库全书》与《钦定古今图书集成》全部移到这里。此后，文溯阁《四库全书》就一直“书阁分离”，所有权与管理权也由省图书馆沿袭控制。

　　１９６４年１月，沈阳故宫博物院提出“请将《四库全书》归还故宫”的申请报告，但报告没有下文。

　　１９６５年，基于当时的形势，辽宁省图书馆以战备为由，请示省文化厅将《四库全书》调离辽宁。省文化厅又请示中共辽宁省委，省委批示同意后，由文化厅呈文给文化部，文化部办公厅于１９６６年３月７日，以（１９６６）文厅图字２４号文件的形式，给辽宁省文化厅下文，做出“基于备战需要，将辽宁省图书馆收藏的文溯阁《四库全书》一部拨交甘肃省图书馆收藏”的决定。同年９月１３日－２７日，两省文化厅在沈阳办理了清点交接手续。除《四库全书》外，《钦定古今图书集成》（铜活字本）以及相关档案资料也一并移交。文溯阁《四库全书》就这样远赴甘肃省永登县，存放于距兰州市区７０公里处的一个山洞里。